ในอดีตทะเลสาบสงขลาเป็นแหล่งน้ำธรรมชาติขนาดใหญ่ ที่มีความอุดมสมบูรณ์ของสัตว์น้ำ ทั้งสัตว์น้ำจืด น้ำกร่อย และน้ำเค็ม มีศักยภาพในการผลิตสัตว์น้ำและรองรับการบริโภคของประชาชนที่อาศัยอยู่รอบทะเลสาบสงขลา มีการใช้พื้นที่ในทะเลสาบสงขลาในกิจกรรมที่หลากหลาย เช่น ทำการประมง ทำให้เกิดอาชีพทำการประมงหลายชนิดและหลายเครื่องมือ อาทิเช่น ไซนั่ง อวน เบ็ด โพงพาง ฯลฯ มาอย่างช้านาน
     ปัจจุบันทะเลสาบสงขลาถูกทำลายโดยการใช้ทรัพยากรสัตว์น้ำที่มีอยู่อย่างสิ้นเปลืองและล้างผลาญ โดยเฉพาะการใช้เครื่องมือประมงที่ผิดประเภท เช่น อวนลาก อวนรุน โพงพาง ซึ่งทำให้ทำลายแหล่งที่อยู่อาศัย และสัตว์น้ำวัยอ่อนที่ยังไม่เจริญพันธุ์ได้คราวละมากๆต่อชนิดเครื่องมือ
     โครงการฟื้นฟูทะเลสาบสงขลาจึงเกิดขึ้น ใน ปี 2543 เพื่อแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นในทะเลสาบในส่วนของการฟื้นฟูทรัพยากรสัตว์น้ำ และได้มีกิจกรรมหลายรูปแบบเพื่อให้ประชาชนที่ใช้ทรัพยากรในทะเลสาบสงขลาได้ตระหนักถึงคุณค่าและได้เข้ามามีส่วนร่วมในการฟื้นฟูทะเลสาบสงขลา อาทิเช่น
    ปี2543 มีกิจกรรมที่ดำเนินการ คือ
1. กิจกรรมอนุรักษ์ทรัพยากรประมง งานปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำและพันธุ์สัตว์น้ำวัยอ่อน     การปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำกระทำโดยการจัดหาพันธุ์สัตว์น้ำตามความเหมาะสมของพื้นที่และความต้องการของราษฏรในเขตที่ตั้งของโครงการ เพื่อปล่อยลงแหล่งน้ำเขตรักษาพืชพันธุ์สัตว์น้ำที่จังหวัดได้ทำการประกาศอย่างเป็นทางการ หรือเขตอนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำที่ราษฎรหรือชาวประมงได้จัดตั้งขึ้น โดยพันธุ์สัตว์น้ำเป็นลูกพันธุ์วัยอ่อนหรือพ่อแม่พันธุ์ที่แตกต่างกันไปตามความเหมาะสมของพื้นที่ ทำการปล่อยในพื้นที่รอบทะเลสาบสงขลา ทั้งสิ้น 16 แห่ง ทำการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำมากกว่าที่กำหนด จำนวนทั้งสิ้น 10,121,750 ตัว และอบรมคณะกรรมการประมงอาสาได้จำนวน 160 คน
2. กิจกรรมส่งเสริมและพัฒนาอาชีพประมง
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลากะพงขาว จำนวน 200 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงกุ้งก้ามกราม จำนวน 60 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลานิลแปลงเพศ จำนวน 260 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลาสลิดในนา จำนวน 10 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลากดเหลืองในกระชัง จำนวน 20 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลากดเหลืองในบ่อ จำนวน 26 ราย
   - งานส่งเสริมการเลี้ยงปลากินพืชในบ่อ จำนวน 26 ราย
   - งานฝึกอบรมการแปรรูปสัตว์น้ำ จำนวน 24 0 ราย

ปี 2544 มีกิจกรรมที่ดำเนินการดังนี้
1. กิจกรรมการอนุบาลลูกปลาในเขตอนุรักษ์
    จากการที่กรมประมงได้ดำเนินการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำขนาดเล็กในแหล่งน้ำธรรมชาติ ปีละหลายล้านตัวเป็นประจำทุกปี แต่อัตราการรอดตายของลูกพันธุ์ต่ำ จึงเป็นผลให้อัตราการจับสัตว์น้ำของชาวประมงเพิ่มขึ้นน้อย ดังนั้นจึงมีการการอนุบาลพันธุ์สัตว์น้ำในเขตอนุรักษ์ในที่ล้อมขัง เพื่อให้สัตว์น้ำได้เจริญเติบโตขึ้นและสามารถปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม ซึ่งจะช่วยให้สัตว์น้ำมีอัตรารอดเพิ่มสูงขึ้น รวมถึงการสร้างจิตสำนึกแก่ราษฏรให้รู้จักหวงแหนแหล่งน้ำและเห็นถึงความสำคัญของการอนุรักษ์สัตว์น้ำต่อไป
กิจกรรมการอนุบาลพันธุ์สัตว์น้ำเขตอนุรักษ์ ปี 2544 มีพื้นที่ดำเนินการ 4 แห่ง คือ
     - อ่าวทุ่งบัว ตำบลเกาะใหญ่ อำเภอกระแสสินธุ์ จังหวัดสงขลา
     - อ่าวทึง ตำบลรัตภูมิ อำเภอควนเนียง จังหวัดสงขลา
     - บ้านเกาะโคบ ตำบลเกาะหมาก อำเภอปากพะยูน จังหวัดพัทลุง
     - บ้านลำปำ ตำบลลำปำ อำเภอเมือง จังหวัดพัทลุง

2. กิจกรรมการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำ
     การปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำ จัดหาพันธุ์สัตว์น้ำตามความเหมาะสมของพื้นที่และความต้องการของราษฏรในเขตที่ตั้งของโครงการ เพื่อปล่อยลงแหล่งน้ำเขตรักษาพืชพันธุ์สัตว์น้ำที่จังหวัดได้ทำการประกาศอย่างเป็นทางการ หรือเขตอนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำที่ราษฎรหรือชาวประมงได้จัดตั้งขึ้น จะเป็นสัตว์น้ำวัยอ่อนหรือพ่อ แม่พันธุ์ตามชนิด ปริมาณที่แตกต่างกันไปตามความเหมาะสมของพื้นที่ ทั้งสิ้น 16 แห่ง รอบทะเลสาบสงขลา โดยการ
      - สำรวจแนวพื้นที่ บริเวณที่ปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำตลอดจนชนิด ปริมาณของพันธุ์สัตว์น้ำที่เหมาะสม และความต้องการของราษฎรร่วมกันพิจารณา
      - แต่งตั้งกรรมการประมงอาสา ดูแลช่วยเหลือพนักงานเจ้าหน้าที่ในการตรวจตราดูแลเฝ้าระวังในเขตรักษาพืชพันธุ์ที่จังหวัดที่ประกาศไว้อย่างเป็นทางการ และเขตรักษาพืชพันธุ์สัตว์น้ำที่ราษฎรจัดตั้งขึ้นเพื่อการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำ
      - จัดซื้อพันธุ์สัตว์น้ำชนิดต่างๆตามความเหมาะสมเพื่อปล่อยลงแหล่งน้ำ ทั้งชนิดที่เป็นสัตว์น้ำวัยอ่อน หรือพ่อแม่พันธุ์เพื่อการแพร่ขยายพันธุ์ เพิ่มความอุดมสมบูรณ์ให้แก่แหล่งน้ำ
      - จัดให้มีการสำรวจชนิด และปริมาณของพันธุ์สัตว์น้ำที่ได้ทำการปล่อยไปแล้วทางวิชาการเพื่อประเมินผลการดำเนินงานร่วมกับราษฎรหรือประมงอาสา
      ในปีงบประมาณ 2544 สถาบันฯได้ร่วมกับสถานีประมงน้ำจืด จังหวัดสงขลา และสถานีประมงน้ำจืดจังหวัดพัทลุง ดำเนินการเพาะพันธุ์สัตว์น้ำเพื่อปล่อยลงสู่ทะเลสาบสงขลา โดยประสานงานกับสำนักงานประมงจังหวัดสงขลาและพัทลุง ในการจัดเตรียมสถานที่ปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำ และขอความร่วมมือองค์กรเอกชนและประชาชนในพื้นที่ สำหรับวัตถุประสงค์ของการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำในทะเลสาบสงขลา เพื่อเพิ่มพูนสัตว์น้ำในธรรมชาติให้เพิ่มมากขึ้น โดยมุ่งหวังให้ชาวประมงสามารถจับสัตว์น้ำได้มากขึ้นกว่าเดิม ซึ่งจะเป็นผลให้ชาวประมงมีรายได้และมีความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นต่อไป

3. กิจกรรมปลาหน้าวัด
      สถาบันวิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งได้ดำเนินงานตามนโยบายของกรมประมงร่วมกับสำนักงานประมง จังหวัดสงขลา และสำนักงานประมง จังหวัดพัทลุง ในกิจกรรมปลาหน้าวัด โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อใช้แหล่งน้ำบริเวณหน้าวัด ซึ่งเป็นเขตอภัยทาน เป็นที่รักษาพืชพันธุ์ตามพระราชบัญญัติการประมง พ.ศ 2490 ให้เป็นประโยชน์ในการอนุรักษ์สัตว์น้ำ และใช้เป็นแหล่งพ่อ แม่ พันธุ์ปลาในธรรมชาติ เพื่อการออกลูกหลานและเพิ่มทรัพยากรสัตว์น้ำในแต่ละท้องที่ต่อไป ซึ่งกิจกรรมปลาหน้าวัด ปี 2544 มีพื้นที่ดำเนินการ 3 แห่ง ดังนี้
      - วัดท่าม่วง ตำบลรัตภูมิ อำเภอควนเนียง จังหวัดสงขลา
      - วัดปากพล ตำบลปากพล อำเภอบางแก้ว จังหวัดพัทลุง
      - วัดป่าลิไลย์ ตำบลลำปำ อำเภอเมือง จังหวัดพัทลุง
     ทั้งสามกิจกรรมนี้จะเห็นได้ว่าเป็นการฟื้นฟูทรัพยากรสัตว์น้ำทั้งน้ำจืด น้ำกร่อย และน้ำเค็มในทะเลสาบสงขลาให้มีปริมาณมากขึ้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ สัตว์น้ำที่เพิ่มขึ้นเห็นชัดเจนคือกุ้งกุลาดำและปูทะเล เนื่องจากในธรรมชาติกุ้งกุลาดำพบในปริมาณน้อยมาก ตามสถิติผลการจับสัตว์น้ำในปี 2542 ที่ยังไม่มีโครงการปล่อยกุ้งกุลาดำ ส่วนปี 2543 มีฝนตกชุกตลอดปี กรมประมงได้ปล่อยพันธุ์กุ้งก้ามกรามจำนวน 42 ล้านตัว ทำให้เกิดผลผลิตกุ้งก้ามกรามปริมาณมาก ช่วงปลายปีมีอุทกภัยน้ำท่วมใหญ่ทางภาคใต้ กุ้งกุลาดำจากบ่อเลี้ยงไหลลงมารวมเป็นผลผลิตของทะเลสาบจำนวนมากแม้จะปล่อยลูกพันธุ์จำนวนไม่มาก ปี 2544 ปล่อยกุ้งกุลาดำ 3 ล้านตัว มีผลผลิต 11,095 กิโลกรัม แต่เมื่อทำการปล่อยกุ้งกุลาดำลงในเขตอนุรักษ์ในปี 2545 ชาวประมงสามารถจับกุ้งกุลาดำได้จากบริเวณใกล้เคียงวันละ 0.5-2 กิโลกรัมเป็นระยะเวลานานตั้งแต่เดือนมีนาคมจนถึงเดือนกันยายน(ปกติจะพบประมาณ 4 เดือนในรอบปี)
 ปี 2545 มีกิจกรรมที่ดำเนินการดังนี้
1. กิจกรรมการอนุบาลลูกพันธุ์สัตว์น้ำในเขตอนุรักษ์ มีพื้นที่ดำเนินการ 5 แห่ง
    1.1 เขตรักษาพืชพันธุ์ บ้านทะเลน้อย อำเภอควนขนุน จังหวัดพัทลุง
    1.2 เขตรักษาพืชพันธุ์บ้านช่องฟืน อำเภอปากพะยูน จังหวัดพัทลุง
    1.3 เขตอนุรักษ์อ่าวจงเก ต.จองถนน บ้านจงเก อำเภอเขาชัยสน จังหวัดพัทลุง
    1.4 เขตรักษาพืชพันธุ์บ้านท่าเสา อำเภอสิงหนคร จังหวัดสงขลา
    1.5 เขตอนุรักษ์คูขุด อำเภอสทิงพระ จังหวัดสงขลา
และปล่อยในบริเวณหน้าวัดอีก 3 วัด
     1.วัดปากประ ตำบลลำปำ จังหวัดพัทลุง
     2.วัดท่าเมรุ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา
     3. วัดบางกล่ำ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา
     มีการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำทั้งหมด จำนวน 87 ครั้ง สัตว์น้ำที่ปล่อยมี 11 ชนิด จำนวน 53,173,562 ตัวและมีการอนุบาลก่อนปล่อยทั้งในเขตอนุรักษ์/เขตรักษาพืชพันธุ์และบริเวณหน้าวัดรวมทั้งสิ้นจำนวน 6,378,888 ตัว
     ส่วนการอบรมประมงอาสาทำการอบรมในบริเวณรอบทะเลสาบจำนวน 5 แห่งๆละ 30 คน รวมจำนวนผู้เข้าร่วมการอบรมทั้งสิ้น 150 คน
ปี 2546
    -  กิจกรรมการอนุบาลลูกพันธุ์สัตว์น้ำในเขตอนุรักษ์ก็ดำเนินการต่อเนื่องมาจากปี 2545 และได้ปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำลงสู่ทะเลสาบสงขลาทั้งสัตว์น้ำจืดและน้ำกร่อยรวมทั้งสิ้นประมาณ 33,826,000 ตัว พร้อมทั้งกำหนดขนาดของตาอวนในการจับสัตว์น้ำและให้ชาวบ้านช่วยกันสอดส่องดูแลกันเองภายในหมู่บ้านของตนเอง
     - กิจกรรมการอบรมประมงอาสาสมัครมีการอบรมในบริเวณรอบทะเลสาบสงขลาจำนวน 5 แห่งๆละ 40 คน รวมจำนวนผู้เข้ารับการอบรมทั้งสิ้น 200 คน
     - กิจกรรมติดตามประเมินผลสัตว์น้ำที่ปล่อยโดยการออกสัมภาษณ์ชาวประมงที่ออกเรือในบริเวณทะเลสาบสงขลาเดือนละ 1 ครั้ง
     ส่วนปูทะเล กรมประมงโดยโครงการฟื้นฟูทะเลไทยได้นำปูทะเลมาปล่อยในปี 2544 และในปี 2545 โครงการฟื้นฟูทะเลสาบได้นำปูทะเลมาปล่อยร่วม ทั้งแม่ปู ปูรุ่น และลูกปู ทำให้มีผลผลิตปูถึง 7 เดือน ในรอบปีจากเดิมที่ ผลผลิตปูในธรรมชาติพบเพียง 3 เดือน

กิจกรรมอนุบาลพันธุ์สัตว์น้ำเขตอนุรักษ์อบรมประมงอาสา 5 แห่งปี 2546
1.บ้านหัวป่า          ม.6 ต.บ้านขาว  อ. ระโนด    จ. สงขลา
2. บ้านตาดไข่เต่า  ม.1 ต. นาปะขอ อ. บางแก้ว   จ.พัทลุง
3. บ้านศรีไชย       ม.2 ต. คูขุด       อ. สทิงพระ จ.สงขลา
4. บ้านปากบาง     ม.3 ต.รัตภูมิ      อ.ควนเนียง  จ. สงขลา
5. บ้านแหลมโพธิ์  ม.3 คูเต่า           อ. หาดใหญ่           จ. สงขลา

ฟาร์มทะเลในทะเลสาบสงขลา : ฟาร์มทะเลแห่งแรกของไทย
     ผลจากการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำในเขตอนุรักษ์และงดการจับสัตว์น้ำก่อนที่สัตว์น้ำจะเจริญเติบโต เป็นผลให้มีสัตว์น้ำที่รอดตายและเจริญเติบโตได้ดีในทะเลสาบสงขลา สถาบันวิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งจึงทำปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำในโครงการฟื้นฟูทะเลสาบสงขลาอย่างต่อเนื่อง ในปี 2545 ผลจากการปล่อยสัตว์น้ำเศรษฐกิจ เช่นกุ้งกุลาดำ ในเขตอำเภอปากพะยูนได้ผลดี ชาวประมงสามารถจับกุ้งกุลาดำได้มากขึ้นและได้ราคาดี ในปี 2546 จึงทำการปล่อยลูกพันธุ์กุ้งกุลาดำเพิ่มมากขึ้นในหลายพื้นที่รอบทะเลสาบสงขลา ซึ่งในบางพื้นที่มีการอนุบาลในกระชังก่อนปล่อย และในบางพื้นที่ทำการปล่อยลูกพันธ์กุ้งกุลาดำลงในทะเลสาบสงขลาโดยไม่มีการอนุบาล แต่เลือกพื้นที่ที่สามารถเป็นแหล่งหลบซ่อนและเป็นแหล่งอาหารที่เหมาะสมในการเจริญเติบโต เช่นบริเวณป่าชายเลน ประจวบกับในช่วงที่เวลาทำการปล่อยมีสาหร่ายปกคลุมพื้นที่ชายฝั่งของทะเลสาบสงขลาอย่างหนาแน่น จึงทำให้ชาวประมงไม่สามารถวางข่ายและจับสัตว์น้ำในบริเวณชายฝั่งได้ เป็นผลให้กุ้งกุลาดำเจริญเติบโตได้ดีรอบทะเลสาบสงขลา เมื่อถึงช่วงเวลาที่สามารถทำการจับกุ้งกุลาดำ (ตุลาคม-มกราคม) ชาวประมงจึงจับกุ้งกุลาดำได้มากขึ้น ซึ่งการปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำลักษณะนี้คล้ายคลึงกับการทำฟาร์มทะเล จึงอาจจะเรียกได้ว่าขณะนี้ได้มีการทำฟาร์มทะเลเกิดขึ้นแล้วในทะเลสาบสงขลา